<head>タグ内を編集したいでGoogleで検索し、
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data/Smarty/templates/sphone/site_frame.tpl
data/Smarty/templates/mobile/site_frame.tpl
data/Smarty/templates/sphone/site_frame.tpl
EC-CUBE 2.13系でもいけるかなと思いながら、試したところバッチリ解決!!